藏传佛教的活佛转世制度起源于噶举派的噶当支派，当时属于噶当派的元朝国师噶玛拔希要圆寂了，弟子乌坚巴等人请求他长久驻世，护持众生，噶玛拔希接受，并表示将乘愿再来。他预示了转世的地点，一年后预示地点的一户人家出生了一个男孩，是第一系转世活佛噶玛巴，也就是黑帽系转世活佛。

    从此藏传佛教各教派纷纷效仿，建立了各自的转世活佛体系。

    在活佛转世制创建以前，西藏各大教派的传承主要有二种方式，一种是父子或家族转承，一种是师徒传承。宁玛派是以父子传承的，这个教派可以娶妻生子，于是子承父业。宁玛派的重要代表人物“三素尔”，就是祖孙三代。宁玛派祖庭为藏雅鲁藏布江南北两岸的敏珠林寺和多吉扎寺，在十六至十七世纪中叶，这两座寺院分别以父子和翁婿相传。甚至到现在敏珠林寺还是父子相传。萨加派是在家族内传承法统的。萨迦派著名的“萨迦五祖”第一位祖师是贡嘎宁波，他死后将寺主传给次子款索南泽摩，为第二位祖师，卒后将其位传给弟弟款扎巴赞，称第三位祖师，死后又将法统传给其侄儿，这就是历史上有名的萨迦贡嘎坚赞，再其后传给侄子八思巴，为萨迦第五代祖师。八思巴追随元始祖忽必烈，被封为帝师，使萨迦派取得西藏的统治地位，显赫一时。师徒传承的主要是噶当派，其祖师仲敦巴，收有很多弟子。他在世时修建了热振寺，卒后将热振寺传给弟子贡巴哇继承。以后一代一代，这种师徒传承法统延袭至今。

    真正将活佛转世制度发扬光大的是格鲁派，格鲁派有两大系转世活佛，那就是人人都知道的达赖和班禅。格鲁派形成了完善的活佛转世理论及灵童确认制度。

    转世灵童一般需要经过七步才能确定：

    1、转世预言。上世活佛圆寂前对转世的预言。
    2、圣湖问卜。这主要是在预言不明确的情况下进行。
    3、寻找灵童。根据预言和问卜显示的信息找候选灵童。
    4、器物辨识。候选灵童对活佛使用过东西的辨认，多种东西都必须准确无误。
    5、人物辨认。对活佛生前熟悉的人进行辨认，有些甚至能叫出第一次见的人名。
    6、金瓶掣签。通过以上5步的3个候选灵童参加抽签，用乾隆57年（1792年）规定金瓶掣签制度时制作的金瓶抽签，确认最后的转世灵童。
    7、中央册封。没有中央政府册封的灵童都不能确认为达赖或班禅。

    最近一次转世的大活佛是十世班禅。1989年十世班禅在日喀则圆寂，由于十世班禅没有留下转世的预言，转世的线索主要依赖圣湖问卜，由哲蚌寺、色拉寺和甘丹寺等大寺院的高僧一起到圣湖组织盛大的宗教仪式，祈求转世信息。高僧门将“看到”的镜像记录下来，给找寻灵童的参考，最后找到了10多个候选灵童。再经过器物、人物辨识确定3个候选，1995年11月29日，在大昭寺金瓶掣签确定了十一世班禅，中央随即进行了册封。

    问卜以哲蚌寺住持记录的信息最明确：门前有棵树（这在藏族的民居中是十分罕见的）、找到他家时树上拴着一匹跛马……惊人的一致。

    在找寻的过程中，达赖还插了一腿。因为过程较长，前后有7年，给了达赖机会。有人暗中将候选灵童名单给达赖，达赖在印度宣布，一直没有找到班禅转世灵童被他找到了。但达赖有先天不足，金瓶在西藏，他自己当年就是金瓶确定的，如果不承认金瓶掣签的权威，他自己的身份就变得可疑，如果承认金瓶掣签的权威，他又没有机会使用它。中央政府一用金瓶掣签，达赖选的灵童就只能偃旗息鼓。所以，现在达赖也很担心，自己圆寂之后怎么办？